Tekstretrieval uit ongestructureerde data & Integratie genomics en klinische data

Deel A - Tekstretrieval patiëntgegevens uit ongestructureerde data
Veel zorginformatie is verborgen in brieven, verslagen of andere vrije tekstvelden in de vele bronapplicaties die een ziekenhuis machtig is. Deze informatie wordt onder andere gebruikt door artsen en verpleegkundigen voor naslagwerk en onderzoek. Via het Business Intelligence Center (BIC) is het in het verleden mogelijk geweest om een extractie te krijgen van een deel van deze brieven en verslagen. De twee systemen die het BIC hiervoor gebruikt zijn verouderd en met de livegang van het nieuwe EPD/ZIS HiX (van leverancier ChipSoft) in juni 2017 niet meer beschikbaar.

In dit project zijn alternatieve oplossingen onderzocht waarmee het mogelijk is om brieven en verslagen te doorzoeken. In overleg met het BIC is gekozen voor een oplossing waarmee alle brieven en verslagen te benaderen zijn met één systeem, SAP Business Objects. Deze applicatie wordt dagelijks door het BIC gebruikt voor informatieverzoeken en sluit daarom goed aan bij hun werkwijze.

In het ontwerp is gekozen om data niet onnodig te kopiëren, maar te ontsluiten met behulp van datavirtualisatie. Op basis van het ontwerp is een succesvolle pilotimplementatie uitgevoerd. De gebruikers zijn erg tevreden met deze pilotimplementatie.

Deel B - Integratie genomics en klinische data
‘Personalized medicine’ zal in de toekomst een grote rol gaan spelen. In dit concept wordt een op maat geleverde geïndividualiseerde behandeling gebaseerd op de klinische gegevens, de genetische data, alsmede leefstijl, omgeving en persoonlijke voorkeuren van een patiënt. Hierin is de integratie van genetische en klinische data van patiënten een belangrijke stap.

Een mogelijke optie om klinische en genomics data te integreren en uit te geven via een centraal platform is het Translational Research Center (TRC) platform. Dit platform is in 2013 aangeschaft door het Erasmus MC. Met het TRC platform is begin 2015 een proof of concept (PoC) gestart voor twee onderzoeksprojecten. Gedurende de PoC is er veel kennis opgedaan over het TRC-platform en het onderzoek dat gedaan wordt met klinische en genomische data.

Op basis van de uitkomsten van de PoC met het TRC-platform zijn alternatieve oplossingen voor integratie van genomics en klinische data ontworpen. Van deze alternatieven zijn geen pilotimplementaties uitgevoerd en ook geen implementaties bekend in andere organisaties. Een nieuw project zal aan moeten tonen of de alternatieven kunnen voldoen aan de gestelde specificaties. Dit is in overeenstemming met de conclusies van de regiegroep Personalized Medicine.

Deel A - Tekstretrieval patiëntgegevens uit ongestructureerde data
Veel zorginformatie is verborgen in brieven, verslagen of andere vrije tekstvelden in de vele bronapplicaties die een ziekenhuis machtig is. Deze informatie wordt onder andere gebruikt door artsen en verpleegkundigen voor naslagwerk en onderzoek. Via het Business Intelligence Center (BIC) is het in het verleden mogelijk geweest om een extractie te krijgen van een deel van deze brieven en verslagen. De twee systemen die het BIC hiervoor gebruikt zijn verouderd en met de livegang van het nieuwe EPD/ZIS HiX (van leverancier ChipSoft) in juni 2017 niet meer beschikbaar.

In dit project zijn alternatieve oplossingen onderzocht waarmee het mogelijk is om brieven en verslagen te doorzoeken. In overleg met het BIC is gekozen voor een oplossing waarmee alle brieven en verslagen te benaderen zijn met één systeem, SAP Business Objects. Deze applicatie wordt dagelijks door het BIC gebruikt voor informatieverzoeken en sluit daarom goed aan bij hun werkwijze.

In het ontwerp is gekozen om data niet onnodig te kopiëren, maar te ontsluiten met behulp van datavirtualisatie. Op basis van het ontwerp is een succesvolle pilotimplementatie uitgevoerd. De gebruikers zijn erg tevreden met deze pilotimplementatie.

Deel B - Integratie genomics en klinische data
‘Personalized medicine’ zal in de toekomst een grote rol gaan spelen. In dit concept wordt een op maat geleverde geïndividualiseerde behandeling gebaseerd op de klinische gegevens, de genetische data, alsmede leefstijl, omgeving en persoonlijke voorkeuren van een patiënt. Hierin is de integratie van genetische en klinische data van patiënten een belangrijke stap.

Een mogelijke optie om klinische en genomics data te integreren en uit te geven via een centraal platform is het Translational Research Center (TRC) platform. Dit platform is in 2013 aangeschaft door het Erasmus MC. Met het TRC platform is begin 2015 een proof of concept (PoC) gestart voor twee onderzoeksprojecten. Gedurende de PoC is er veel kennis opgedaan over het TRC-platform en het onderzoek dat gedaan wordt met klinische en genomische data.

Op basis van de uitkomsten van de PoC met het TRC-platform zijn alternatieve oplossingen voor integratie van genomics en klinische data ontworpen. Van deze alternatieven zijn geen pilotimplementaties uitgevoerd en ook geen implementaties bekend in andere organisaties. Een nieuw project zal aan moeten tonen of de alternatieven kunnen voldoen aan de gestelde specificaties. Dit is in overeenstemming met de conclusies van de regiegroep Personalized Medicine.