Het Microscopie Laboratorium is gelegen in Gemini-Zuid 4.02.

De microscopieruimte is onderdeel van het Laboratorium voor Cel en Weefsel Engineering. De ruimte is geheel geblindeerd en er zijn microscopen voor brightfield-, DIC-, fasecontrast-, polarisatie-, epi-fluorescentiemicroscopie en vier laser-scanmicroscopen. Twee van de vier laser-scanmicroscopen zijn uitgerust met een twee-fotonlaser, één met een wit-lichtlaser en één van de laser-scanmicroscopen is een spinning disk confocaal-systeem. Er kan onder andere gewerkt worden aan confocale- en twee-fotonlaser-scanningmicroscopie, FLIM, FRET, FRAP en SHG. De spinning disk confocaal-microscoop is uitgerust met apparatuur om mechanische eigenschappen te onderzoeken om zo materiële deformaties te visualiseren. Twee van onze microscopen zijn uitgerust met incubatieboxen voor het in beeld brengen van levende cellen.